Ce secteur vérifie le bon état chimique des eaux destinées à la consommation humaine ainsi que l’eau d’abreuvement des animaux afin de s’assurer de leur potabilité. Il réalise aussi le contrôle des eaux usées, la surveillance sanitaire des coquillages pour la recherche des phycotoxines ainsi que le contrôle de l’air intérieur des bâtiments recevant du public.